תוצרי ביניים פרמצבטיים הם תרכובות פונקציונליות הכרחיות בסינתזה של תרופות. הסיווג שלהם עוזר להבהיר מסלולים סינתטיים, לייעל את תהליכי הייצור ולהשיג התמחות. בהתבסס על קריטריונים שונים לסיווג, תוצרי ביניים פרמצבטיים יכולים להציג צורות שונות, המשקפות את ההבנה השיטתית של תעשיית התרופות לגבי מאפיינים מבניים, שלבים סינתטיים ומקורות.
מנקודת המבט של שלב סינתטי, ניתן לחלק אותם ל-שלבי ביניים בשלב מוקדם ו-שלבי ביניים מאוחרים. חומרי ביניים- מוקדמים ממוקמים בתחילת או באמצע המסלול הסינטטי, עם מבנים פשוטים יחסית. הם משמשים לעתים קרובות לבניית שלדי פחמן בסיסיים או להכנסת קבוצות פונקציונליות מרכזיות, וסולם הסינתזה שלהם גדול, עם תהליכים המתמקדים בתפוקה ובעלות. תוצרי ביניים בשלב- מאוחרים קרובים יותר למולקולת תרופת המטרה, עם מבנים מורכבים ודרישות סטריאוכימיות גבוהות. לעתים קרובות הם כוללים הגנה והסרת הגנה מרובה שלבים, אינדוקציה כיראלית ופעולות אחרות, מה שמגדיל באופן משמעותי את הקושי של בקרת איכות וטיהור, ויש להם השפעה ישירה יותר על הפעילות והבטיחות של התרופה המוגמרת.
בהתבסס על מאפיינים מבניים כימיים, ניתן לסווג אותם לחומרי ביניים ארומטיים, תוצרי ביניים אליפטיים, תוצרי ביניים הטרוציקליים, ותוצרי ביניים פפטידים וכו'. תוצרי ביניים ארומטיים, המכילים טבעות בנזן או מערכות טבעות ארומטיות מצומדות אחרות, נמצאים בשימוש נרחב בבנייה מולקולרית של תרופות אנטי-סרטניות, תרופות ביניים{} עם שרשרת ישר,{}, וכו'. פחמימנים כעמוד השדרה הבסיסי שלהם, נמצאים בדרך כלל בסינתזה של תרופות הורמונים וויטמינים. תוצרי ביניים הטרוציקליים, המכילים חנקן, חמצן, גופרית והטרואטומים אחרים, תופסים מקום חשוב בתרופות אנטיבקטריאליות, אנטי-ויראליות ומערכת העצבים. תוצרי ביניים של פפטידים, המורכבים משאריות חומצות אמינו מקושרות, הם הבסיס לסינתזה של ביו-פרמצבטיקה וכמה תרופות ממוקדות-למולקולות קטנות.
בהתבסס על המקור ושיטת ההכנה שלהם, ניתן לחלק את תוצרי הביניים גם לחומרי ביניים מסונתזים כימית ותוצרי ביניים-תסיסה ביולוגית. תוצרי ביניים מסונתזים כימית מסתמכים על תגובות אורגניות לבנייה מבנית; התהליכים בשלים וניתנים לייצור-המוני. תוצרי ביניים-תסיסה ביולוגית מתקבלים דרך מסלולים מטבוליים מיקרוביאליים ומתאימים למוצרים טבעיים ונגזרותיהם עם מבנים מורכבים ומרכזים כיראליים מרובים, המציעים יתרונות כמו היותם ידידותיים לסביבה ובעלי סטריאו-סלקטיביות גבוהה.
יתר על כן, בהתבסס על אזורי יישום, ניתן לחלק את תוצרי הביניים לחומרי ביניים אנטי-גידוליים, אנטי--זיהומיים, קרדיו-וסקולריים ומערכת העצבים המרכזית, המשקפים את התאמתם לתפקודים של התרופה הסופית.
מערכת סיווג מגוונת לא רק מספקת לחברות מו"פ וייצור בסיס ברור לניהול סיווג, אלא גם עוזרת להשיג התאמה מדויקת ועקיבות איכותית בשרשרת האספקה העולמית, ובכך לשפר את יעילות המו"פ ורמת התיעוש של תוצרי הביניים הפרמצבטיים.